聚丙烯酰胺凝膠是一種溶液中常用的，分離出不同大小的分子或微粒通過使它們通過凝膠和施加電流的過程。 有不同配方的聚丙烯酰胺凝膠，但是它典型地含有丙烯酰胺 ，水，緩沖液，過硫酸銨（APS）和四甲基乙二胺 （TEMED）。 該凝膠用作基質分隔出根據它們的電荷和大小的化合物; 聚丙烯酰胺凝膠中的溶液中，更好的分離更小的分子。 通常這種凝膠用于蛋白質和DNA的分離。
在電泳后，電場引起的帶電粒子移動通過凝膠，其中一個篩子一樣的功能，以使不同尺寸的顆粒分開。 該凝膠將吸收從電電流產生的任何熱量。 聚丙烯酰胺凝膠常用于這些方法，但瓊脂糖，創建了類似的凝膠另一個化學，也可以使用。
凝膠可制成不同的濃度 ，丙烯酰胺范圍從約6％至15％的量。 當混合了凝膠，丙烯酰胺是未聚合的，這意味著它仍然是單個分子。 加入促進結合，如TEMED其他化學物質，使分子連接起來形成長鏈 - 聚丙烯酰胺的“聚”的一部分。
聚丙烯酰胺凝膠中的主要優點是，可以基于聯動債券和硬度的數量控制在丙烯酰胺的初始量和TEMED添加。 在丙烯酰胺濃度的主要因素是分子被分析的大小。 該化合物被分離越小，越丙烯酰胺是必要的; 非常小的粒子所使用的濃度最高，15％的分離。
丙烯酰胺效果是通過在凝膠中的摩擦的量; 凝膠的硬度決定的摩擦的量。 化合物是大型移動將通過凝膠更慢，因為是因為它們的大小，自然更多的摩擦和阻力。 較小的化合物移動得更快，因為有較少的摩擦。 為了防止小分子化合物從動過的凝膠，更丙烯酰胺加入到創造更多的摩擦。
DNA的聚丙烯酰胺凝膠用于不同長度的分離的DNA鏈。 DNA片段將會被分開短短的一個核苷酸，組成每一條鏈的化合物。 為了了解這件指的是特定的大小，包含一個已知大小的碎片的標準通常與樣品一起運行。 的DNA片段，然后相對于標準，將該線的大小是確定的。
類似的過程被用來確定蛋白質的大小，通常是那些在血液中。 血液中含有的蛋白質的兩種主要類型：球蛋白，大尺寸的蛋白，血清白蛋白，一個非常小的，帶負電荷的蛋白。 用聚丙烯酰胺凝膠分離，用于確定每個類型的數量。